<div dir="ltr">Thanks for comments, they are really helpful. I know that there are<div>many misunderstandings in my documentation (I made 3 releases</div><div>fixing docs :-) ), such comments will help me to improve it.</div>
<div>now I&#39;ll give answers inline, under your questions.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 6, 2012 at 8:16 AM, Gabor Szabo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gabor@szabgab.com">gabor@szabgab.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Not that I understand what it should do, but I installed and tried it.<br>
I guess people who know what Markov Cluster Algorithm is should know<br>
what is this.<br></blockquote><div><br></div><div>example from my friend that works in coca-cola factory. factory has</div><div>a lot of orders from whole country that changes every day. Factory</div><div>also has many trucks that should supply bottles to order points.</div>
<div>Problem: what is best way to group orders that truck&#39;s path will</div><div>be shorter?</div><div>You solve it by building graph in which every vertex is order point</div><div>and edge weight between them is path distance.</div>
<div>Grouping order points into clusters will help you solve problem.</div><div>There are many companies that should build such clusters for</div><div>huge amount of data and MCL can be useful because of it&#39;s</div><div>
scalabiliy and smplicity.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Some minor comments:<br>
<br>
What is unclear from the SYNOPSIS is what is &quot;MyClass&quot; in there<br>
(and if you are using that already, I&#39;d recommend MyClass-&gt;new<br>
and not the indirect notation of new MyClass.<br>Why do you need to use scalar references there?<br>
 My feeling is that the example should have the original data in an array of<br>
pairs that would be passed to the addEdge method.<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>I want that module usage will as simple as possible. IMHO simplest</div><div>way to load graph into module is by adding all graph&#39;s edges.</div><div>Every vertex could be element in many edges and it will be loaded</div>
<div>into module many times. Problem is to find was some vertex</div><div>already loaded in another edge. I solve this problem by decision</div><div>that only references will be passed module. I just wanted to show</div><div>
that input for load is references and output is list of references.</div><div>May be I should make longer examples. </div><div><br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

In the docs I&#39;d link to PDL  with   L&lt;PDL&gt;<br>
and it seems it need a bit more documentation.<br>
<br>
You can tell in the Makefile.PL where is your public version control<br>
system for this module.<br>
Having one helps getting patches.<br>
<br>
I looked at the tests too:<br>
<br>
ok(1/2 == $matrix1-&gt;at(1, 1), &quot;stochastic 1&quot;);<br>
could be better written as<br>
is($matrix1-&gt;at(1, 1), 1/2, &quot;stochastic 1&quot;);<br>
<br>ok(includeVertex($cluster1, $val4) &gt; 0, &quot;vertex is not in cluster - 1&quot;);<br>
could be better written as<br>
cmp_ok(includeVertex($cluster1, $val4), &#39;&gt;&#39;, 0, &quot;vertex is not in cluster - 1&quot;);<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>agree for those comments,</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
You could randomly generate a big data set and check if it does not crash,<br>
does not leak memory and if it works in a reasonable time. To some value of<br>
reasonable. Without actually checking correctness.<br></blockquote><div><br></div><div>I thought about randomly created big graph. My main problem for first</div><div>release is correctness of implementation and randomly created</div>
<div>graph does not help here. I hope I&#39;ll find real data somewhere.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Finally, I think I&#39;d ask on the PDL mailing list. They probably have a<br>
lot more insight in this.<br>
<br>
I hope some of these will help!<br></blockquote><div><br></div><div>definitely help, Thanks!</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br></blockquote>
</div></div></div>